Pada sisih lain, elite-elite pusat sebagai pusat kekuasaan (central power) semakin menggerus sisa-sisa kekuatan lokal melalui kebijakan pemerÂintah yang terasa sentralistis saat itu. Akibatnya konflik horinzontal yang terjadi di daerah-daerah terkadang merupakan imbas dari masa transisi perubahan sosial tersebut. Di satu sisih elite-elite lokal masih merasa memiliki kekuatan dan penÂgaruh tetapi kebijakan peraturan dan perundang-undangan memberikan legitimasi kepada elite-elite birokrasi yang merupakan perpanjangan pemerÂintah pusat. Karena dukungan dana dan power, maka elite-elite birokrasi semakin kuat di daerah. Bahkan masyarakat pun mau tidak mau harus mengakui kebijakan dan otoritas pemerintah karÂena perangkat-perangkatnya sudah sedemikian menggurita sampai ke tingkat pedesaan.
Masalah mulai muncul ketika elite-elite lokal melemah sementara terjadi pelemahan elite-elite pusat seiring dengan reformasi sosial politik yang terjadi dalam tahun 1997-1998. Konflik horizontal terjadi di mana-mana dan seolah sulit di atasi kerÂena elite-elite lokal sudah kehilangan wibawa seÂmentara elite-elite pusat sudah kehilangan power. Letupan sosial terjadi di mana-mana seolah tak terkendalikan. Para Kiyai yang tadinya tokoh spiriÂtual di dalam masyarakat sudah terlanjur kehilanÂgan pengaruh karena harus berbagi kekuasaan dengan elite-elib agama produk birokrasi yang sedang menguasai institusi formal. Para penguÂrus Majlis Ulama (MUI) tidak lagi didominasi alumÂni Pesantren tetapi didominasi oleh para sarjana alumni kampus. Secara formal mereka sarjana dan memiliki kekuasaan birokrasi tetapi belum bisa menyingkirkan semua pengaruh ulama tradisional, karena mereka dibentuk oleh suasana batin terÂtentu, berbeda dengan suasana yang melahirkan para sarjana tersebut.
Dalam kondisi seperti ini, kelompok-kelomÂpok minoritas yang tadinya "tiarap" di masa Orde Baru tiba-tiba bangkit dengan terang-terangan mengembangkan faham-fahamnya. Sebagai conÂtoh, faham yang berusaha mengusung konsep KhÂilafah seperti Kelompok Hizbut Tahrir dan ormas-ormas lainnya bangkit kembali mempromosikan fahamnya. Kelompok Islam yang dulu terpinggirÂkan oleh rezim Orde Baru bangkit kembali, teruÂtama tampilnya Habibie Ketua ICMI dan kemudian menjadi Kepala Negara. Semenjak ini bukan hanÂya organisasi keagamaan yang bangkit, tetapi juga organisasi kedaerahan yang menuntut kemerdeÂkaan seperti Timor-Timor juga bangkit kembali. Akibatnya, semua orang sepertinya bebas untuk mendirikan Ormas dan dengan tujuannya masing-masing. Ditambah lagi dengan semakin bebasnya media pemberitaan menyiarkan berita tanpa harÂus takut atau harus menyensor beritanya seperti di zaman Orde Baru. Kini media memegang peran yang amat penting. Dalam kondisi seperti ini, buÂkan hanya organisasi "merah" bangkit lagi, tetapi organisasi dan faham lintas negara (Trans NaÂsional) juga ikut antre menebarkan pengaruhnya di bumi Nusantara.