Di antara fungsi yang paling nyata MUI ialah menciptakan hubungan harmonis inÂtern umat Islam dan antar umat beragama, termasuk antara umat Islam dan pemerintah. Bukan saja pemerintah di tingkat pusat tetapi MUI di tingkat daerah pun terasa peran kongkrit MUI. Jika terjadi konflik internal antara mazhab atau aliran di dalam Islam maka secepatnya MUI mengambil peran menyelesaikan persoalan. MUI hampir tidak pernah terlambat menyelesaikan konflik inÂternal antar umat Islam Indonesia. MUI juga berperan di dalam menjembatani perbedaan pendapat antara umat Islam dan pemerinÂtah. Baik di tingkat pusat maupun di tingkat daerah, karena struktur MUI berada sampai di tingkat Kabupaten dan Kota.
Keberadaan MUI pada mulanya sebaÂgai hasil musyawarah para alim ulama, cendekiawan dan zu'ama yang datang dari berbagai penjuru tanah air. Mereka mewakili 26 ulama dari 26 Propinsi di Indonesia saatitu, 10 di antaranya mewakili ormas-ormas Islam tingkat pusat, seperti, NU, Muhammadiyah, Syarikat Islam, Perti. Al Washliyah, Math'laul Anwar, GUPPI, PTDI, DMI dan Al Ittihadiyyah, 4 orang ulama dari Dinas Rohani Islam, Angkatan Darat, Angkatan Udara, Angkatan Laut dan POLRI serta 13 orang tokoh/cendekiawan yang merupakan tokoh perorangan. Dari musyawarah tersebut, dihasilkan adalah sebuah kesepakatan untuk membentuk wadah tempat musyawarah para ulama, zu'ama dan cendekiawan muslim, yang tertuang dalam sebuah Piagam Berdirinya MUI, yang ditandatangani oleh seluruh peÂserta musyawarah yang kemudian disebut Musyawarah Nasional Ulama Pertama.
Momentum berdirinya MUI ini seiring dengan peringatan 30 tahun Proklamasi Kemerdekaan RI.
Di antara tugas pendirian MUI saat itu ialah sebagai pengawal dan pembina umat Islam Indonesia, pemberi edukasi dan pembimbing bagi penganut agama Islam, penjaring kader-kader yang lebih baik dan professional, memÂberi solusi bagi masalah keagamaan di dunia internasional, merumuskan konsep pendidiÂkan Islam modern, sebagai pengawal konten dalam media massa. Tentu saja masih ada yang lain sesuai dengan kondisi masyarakat, termasuk misalnya, sebagai organisasi yang menjalankan kerja sama dengan organisasi keagamaan dunia Islam.
Keberadaan MUI sebagai organisasi yang dilaÂhirkan oleh para ulama, zu'ama dan cendekiawan muslim serta tumbuh berkembang di kalangan umat Islam, Majelis Ulama Indonesia adalah gerakan masyarakat. MUI tidak berbeda dengan ormas-ormas kemasyarakatan yang memiliki keberadaan otonom dan menjunjung tinggi seÂmangat kemandirian. Semangat ini ikut mewarnai road map umat Islam masa depan.