Pusat kerajaan Mataram tetap mempertahÂankan kebudayaan aristokrasinya sendiri denÂgan komunitas terbatasnya yang oleh C. Geerts disebut sebagai komunitas Priyayi. Garis kebiÂjakan politis Mataram selalu mengambil langÂkah-langkah tegas bahkan keras terhadap kelompok Islam yang berhaluan keras. Untuk merangkul umat Islam yang terus menerus mengalami perkembangan, baik kuantitatif maupun kualitatif, pihak Keraton membuat instiÂtusi khusus tentang pelaksanaan ajaran Islam di dalam pemerintahan. Pemandangan KraÂton selalu diwarnai dengan kompleks banguÂnan empat dimensi, yaitu unsur Kraton, masjid, alun-alun, dan pasar. Di samping masjid, pihak Kraton juga membuat struktur Pengadilan Agama yang diJawa disebut Qadhi atau dipuÂlau-pulau lain disebut "Penghulu." Namun deÂmikian, pihak Pesantren yang dipimpin para Kiyai juga membuat institusi social keagamaan khusus untuk lingkungan santri.
Dalam lintasan sejarah Panjang tampak sekali ada kekuatan Tarik menarik antara KeraÂton dan Pesantren di dalam memerebutkan kelompok Abangan yang jumlahnya mayoriÂtas di dalam masyarakat. Supaya tetap memÂperoleh dukungan dan legitimasi masyarakat, pihak Kraton juga memberi kewenangan keÂpada para ulama untuk mengakses Kraton. Bahkan pengangkatan Raja atau Sultan harus dikukuhkan oleh ulama. Kebijakan Raja yang tidak memberi kewenangan lebih besar kepada kaum Santri didukung oleh pemerintah colonial Belanda. Bahkan ada yang mengatakan garis politis Keraton yang membuat jarak social-poliÂtik dengan Kiyai dan para santrinya bagian dari arsitek pemerintah colonial Belanda. Dalam beberapa waktu lamanya pihak Keraton menÂjadi bahan nemohan dari kaum Santri karena lebih memperhatikan nasehat-nasehat pemerintah colonial daripada Kiyai yang notabene pemimpin informal masyarakat luas di jawa.
Setelah Indonesia merdeka, pemerintah Orde Lama dan Orde baru agaknya melanjutÂkan garis politik Kerajaan Mataram yang merÂangkul kelompok Islam "tradisional" dan menoÂlak Islam yang prgresif. Selama gerakan Islam menampilkan semarak ritualitas kegamaan maka diizinkan oleh pemerintah. Akan tetapi jika gerakan Islam sudah mulai memasuki ruÂang politik maka pada saat itu berhadapan dengan pemerintah. Sama dengan pemerintah Kerajaan Mataram tidak pernah mau menolerir Islam Politik. Dengan kata lain, mereka hanya ingin menerima Islam sebagai sebuah fenomÂena social keagamaan tetapi menolak Islam sebagai fenomena gerakan politik. Para Kiyai yang dihormati dan dirangkul Islatan ialah mereka yang kooperatif penuh dengan kebijakan pemerintah dan menolak untuk menerima para Kiyai yang memiliki pandangan dan sikap kriÂtis, terlebih mereka yang melancarkan gerakan kekuatan politik praktis.
Bebagai akronim dan label menakutkan sepÂerti kelompok: Komando Jihad, Pemberontak, NII, Radikalisme, Terorisme, terus digunakan pemerintah saat itu untuk menekan Islam seÂbagai kekuatan politik. Memang terbukti tidak sedikit jumlah ulama yang pernah terjerat denÂgan tuduhan akronim tadi.