Untuk mengatasi munculnya gejolak warga daÂlam kasus pendirian rumah ibadah, maka pemerÂintah dalam hal ini Peraturan Bersama Menteri Agama dan Merteri Dalam Negeri Nomor 9 dan 8 Tahun 2006, yang biasa disebut PBM, tentang PeÂdoman Pelaksanaan Tugas Kepala Daerah/Wakil Kepala Daerah dalam Pemeliharaan Kerukunan Umat Beragama, Pembedayaan Forum KeruÂkunan Umat Beragama dan Pendirian Rumah Ibadah. Kehadiran PMB ini relatif relatif nerhasil mengurangi ketegangan dan konflik antar umat beragama, karena PMB tersebut para pemimpin agama dilibatkan secara aktif pada saat perumuÂsannya. Bahkan penetapannya juga ditanda tanÂgani oleh para pemimpin lembaga-lembaga keaÂgamaan di Indonesia.
Kehadiran PBM sejak awal dimaksudkan untuk memelihara kerukunan antar umat beÂragama. Sebuah hasil penelitian Puslitbang KeÂhidupan Keagamaan Tahun 2007 diungkapkan bahwa sosialisasi PBM tentang rumah ibadah berpengaruh terhadap pemeliharaan kerukuÂnan umat beragama, yaitu 17,4% dari 11 faktor yang dapat menyebabkan ketidak-rukunan.
Di antara masalah yang sering muncul di sekitar pendirian rumah ibadah ialah pengguÂnaan rumah tinggal sebagai tempat kebaktian bersama secara rutin tanpa izin, pembangunan rumah ibadat tanpa izin mendirikan bangunan (IMB), dan tanpa rekomendasi dari FKUB. KesÂulitan lainnya ialah perdirian rumah ibadah bagi pemeluk agama minoritas, arogansi pembanÂgun rumah ibadat yang dipaksakan kalangan minoritas tanpa prosedur sesuai PBM, tanda tangan persyaratan dukungan pendirian rumah ibadat dan surat dari pemerintah setempat yang tidak kuat. Penolakan pembangunan rumah ibadat atau pencabutan IMB oleh pemerintah daerah dengan alasan dan pertimbangan kereÂsahan dan gangguan ketertiban masyarakat.
Data-data yang dikumpulkan dari hasil survey yang dilakukan pada tahun 2009,
The Wahid InÂstitut mencatat 21 kasus penyerangan, perusaÂkan, penggerebekan rumah, bangunan, atau tempat ibadat, dan penolakan pendirian rumah ibadah.
Center for Religious and Cross Cultural Studies (CRCS) melaporkan hasil pemantauanÂnya terjadi 18 kasus rumah ibadat. Sementara itu hasil pemantauan Kepolisian dalam beberaÂpa tahun terakhir yang menonjol terkait dengan masalah pendirian rumah ibadat dalam bentuk pengrusakan, penyerangan dan protes dari umat beragama lainnya sejumlah 196 kasus, denÂgan perincian: tempat ibadat Kristiani 142 kasus (Gereja 59 kasus, rumah tinggal yang dijadikan tempat ibadat 60 kasus, ruko dan gedung lainnya 23 kasus), tempat ibadat Islam 20 kasus, Hindu 6 kasus dan tempat ibadat lainnya 2 kasus.
Dari hasil penelitian di atas dapat disimpulÂkan bahwa sebagian besar menimpa rumah ibadat Kristiani di lingkungan mayoritas umat Islam dan Hindu. ***