Sebagai pejabat senior Departemen Kehakiman, Boente terlibat dalam penyelidikan mantan penasihat keamanan nasional Trump, Michael Flynn, yang mengaku bersalah telah berbohong kepada FBI terkait perbincangannya dengan Dubes Rusia. Boente mengundurkan diri ketika badan tersebut menghadapi pengawasan atas penyelidikan mantan staf dan pendukung Presiden Donald Trump.
Boente menandatangani salah satu otorisasi ulang untuk mengawasi rekanan kampanye Trump, Carter Page, yang disetujui oleh Pengadilan Pengawasan Intelijen Asing. Namun, inspektur jenderal dalam laporannya tahun lalu menemukan banyak contoh ketidakakuratan dan informasi yang tersembunyi dalam aplikasi FBI yang ditandatangani oleh Boente dan Rod Rosenstein, yang menjadi wakil jaksa agung, seperti dikutip
CNN.
Inspektur jenderal tidak menemukan kesalahan apa pun oleh Boente dan Rosenstein tetapi itu tidak penting bagi kritikus konservatif yang berpendapat bahwa Direktur FBI Christopher Wray tidak cukup berbuat untuk membersihkan FBI.
Boente adalah pejabat tingkat paling senior yang tersisa di FBI yang terkait dengan penyelidikan Rusia, masalah yang telah dibangkitkan Presiden dan kampanye politiknya tahun ini.
Peran singkat Boente dalam penyelidikan Rusia telah menjadi fokus kritik dari beberapa pendukung Presiden di
Fox News dan di media konservatif lainnya.
Boente sempat menjabat sebagai Jaksa Agung pada 2017 setelah Trump memecat Sally Yates, yang memegang jabatan itu selama minggu-minggu pertama kepresidenannya.
"Beberapa orang telah melayani dengan sangat baik dalam begitu banyak peran penting, tingkat tinggi di Departemen," kata Direktur FBI Christopher Wray dalam sebuah pernyataan.
Pengacara top FBI yang telah memegang beberapa peran senior di Departemen Kehakiman dan FBI selama 38 tahun berkarir, dikabarkan mengundurkan diri. FBI mengatakan Dana Boente telah mengumumkan pengunduran dirinya itu pada Sabtu. 
